—— INTRODUCTION —— 世界一の治安の良さで定評のある国、日本。その治安の良さの裏側には、犯罪者を極秘裏に抹殺・消去する極秘の治安維持組織「DA」の存在があった。DAは孤児を養成して殺人技術を身に付けさせた少女暗殺者「リコリス」を数多く擁し、普段は女子高生に偽装した姿で市中に潜伏させ、有事の際に任務を与えて犯罪者を暗殺することで日本の治安を守っていた。 東京都内にある一軒の喫茶店「喫茶リコリコ」は、DAの支部としての裏の顔を持っており、そこには歴代最強と称されたリコリスで、看板娘として親しまれる底抜けに明るい少女・錦木千束が所属していた。そんなある日、DA本部からリコリスの井ノ上たきなが異動してくる。彼女は銃器密売の犯人を仲間とともに追い詰めていたが、人質に取られた仲間を救うべく、犯人を殺すなという命令に背いたため、本部から左遷されてきたのだった。 たきなは当初「リコリスとして一刻も早く実績を上げて本部に戻る」ことにこだわっていたが、千束との交流の中でリコリスとしてではない一人の少女としての生き方を学んだことでそれまでのこだわりを捨て、千束との絆を深めていく。 同じ頃、日本の異常なまでの治安の良さに不審を抱くテロリスト・真島が、その原因を探るべくテロ活動を開始する。また、病に苦しんでいた幼い千束を救った慈善団体「アラン機関」のメンバーである紳士・吉松シンジも、「千束を最強の殺し屋として覚醒させる」という自分の願望を達成するため、真島などの裏社会の人間と手を組み、千束とたきなを戦いの場へと誘う。 そんな中でも千束は、幼い頃に誓った不殺の信念を貫き、あらゆる困りごとを解決するトラブルシューターとして東京を駆け巡る。